El desarrollo microbiano y el cambio de color hasta su forma oxidada marrón son los dos principales mecanismos de deterioro que afectan al tiempo de conservación de los despojos. Por este motivo, para el envasado de los despojos en atmósfera protectora se necesitan grandes concentraciones de O₂, a fin de mantener el deseable color rojo durante un período mayor.

El CO₂ inhibe bacterias de deterioro aerobio como las especies de Pseudomonas, que normalmente son las predominantes en los despojos. Consecuentemente, para crear el doble efecto de estabilidad del color rojo e inhibición microbiana, se recomienda una mezcla de gases que contenga un 20% de CO₂ y un 80% de O₂ y así prolongar el tiempo de conservación de los despojos crudos refrigerados de 2-6 días a 4-8 días. Se recomienda una proporción gas/producto de 2:1. Muchos tipos de despojos crudos, especialmente hígado, riñón, sesos, menudillos y mollejas, tienden a experimentar una exudación excesiva, particularmente en presencia de CO₂, por lo que sólo se debería aplicar un 20% de CO₂, como máximo.

El mantenimiento de las temperaturas de refrigeración recomendadas y una buena higiene y manipulación en todas la cadena de producción, distribución y venta al por menor es también de vital importancia para garantizar la seguridad y prolongación del tiempo de conservación de los despojos. Los despojos crudos proporcionan un soporte ideal para el desarrollo de una amplia gama de microorganismos que provocan deterioro e intoxicación alimentaria. Se debe tener en cuenta que los despojos crudos se cuecen antes del consumo y que un calentamiento riguroso basta para matar las células vegetativas de las bacterias que provocan intoxicación alimentaria. Por consiguiente, un cocinado correcto reduce en gran medida el riesgo de intoxicación alimentaria.