Los principales mecanismos de deterioro que afectan a la calidad del pescado son consecuencia de procesos microbianos y oxidativos. Los productos de la pesca son muy perecederos debido a su alta a_w, al pH neutro y a la presencia de enzimas autolíticas que provocan el rápido desarrollo de olores y sabores indeseables.

El pescado normalmente tiene una carga microbiana especialmente grande debido a su procedencia de aguas frías, al sistema de captura y transporte a tierra, a la evisceración y a la retención de la piel en las porciones destinadas al consumo a pequeña escala. La actividad microbiana provoca la descomposición de la proteína del pescado, con la consiguiente generación de un indeseable olor a pescado podrido. La rancidez por oxidación de las grasas no saturadas del pescado azul también produce malos olores y sabores.

El EAP es una técnica muy eficaz para retrasar el deterioro por actividad microbiana y la rancidez por oxidación en los productos de pescados y mariscos. El EAP es especialmente eficaz a la hora de prolongar el tiempo de conservación de los productos de pescado blanco. Para pescado blanco, crustáceos y moluscos se recomienda una mezcla de gases que contenga un 30% de O₂, un 40% de CO₂ y un 30% de N₂. Para los productos de pescado azul se recomienda una mezcla de gases que contenga un 40% de CO₂ y un 60% de N₂. La inclusión de CO₂ es necesaria para inhibir bacterias de deterioro como la especie Pseudomonas.

Una proporción demasiado alta de CO₂ en la mezcla de gases puede provocar el colapso del envase, haciendo que éste quede inservible, una exudación excesiva y en algunos productos un sabor ácido picante.

El O₂ es necesario para impedir el desarrollo del Clostridium botulinum tipo E, cambios cromáticos y decoloración, y reducir el goteo en paquetes de pescado blanco, crustáceos y moluscos con atmósfera protectora. Sin embargo, en los paquetes de pescado azul con atmósfera protectora, preferentemente se excluye el O₂, para inhibir la rancidez por oxidación. Se recomienda una proporción gas/producto de 2:1. Los productos curados y procesados de pescados y mariscos contienen niveles relativamente altos de sal, que inhiben eficazmente una amplia gama de microorganismos de deterioro.

Para aprovechar las ventajas de EAP en cuanto a prolongación del tiempo de conservación sólo se debe emplear pescado y marisco de máxima calidad. El tiempo de conservación factible depende de la especie, el contenido en grasas, la carga microbiana inicial, la mezcla de gases y la temperatura de conservación. El mantenimiento de las temperaturas de refrigeración recomendadas y de prácticas correctas de higiene y manipulación en toda la cadena comprendida entre la captura y el consumo es fundamental para asegurar la seguridad y prolongación del tiempo de conservación de los productos de pescados y mariscos.